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 水產養殖中藻類的存在有著*的作用。我們知道藻類群落的胞形狀、大小、適應性分布和體色是水色的重要內容，是水體環境質量的外觀表現，在環境保護和水產養殖日益受到重視的今天，藻類已經成為水環境評價的一個重要生物指標。藻類分類計數儀能快速實現藻類清晰成像、按形態自動分類計數藻類、累計總數和排序優勢藻，以取代人工鏡檢計數，提高工作效率和準確性。
據藻類分類計數儀觀察發現，藻類是水體中的一類主要懸浮物質，不同藻類除了葉綠素外還含有各自的特征色素，色素對光的選擇性吸收和漫反射不同而使藻體看起來具有不同的顏色：藍藻除了葉綠素外，還含有藻藍素和藻紅素，對藍綠光的吸收少，故為藍綠色；綠藻含葉綠素較多，亦含葉黃素和胡蘿卜素，對綠光只少量吸收，大部分以漫反射形式反射出去，看起來呈綠色。大多數紅藻雖含葉綠素、藻藍素等，但以藻紅素的含量占優勢，對紅光只能少量吸收，藻體通常呈紅色，如紫菜、石花菜。褐藻除含葉綠素外，還含有類胡蘿卜素，主要吸收藍紫光，因而呈現褐色。不僅如此，不同藻類由于對自然光的選擇性吸收因而在水體空問分布上具有明顯的差異，對紅光吸收較少，對綠、藍、黃光吸收較多的部分紅藻，生活于紅光難以到達，而綠、藍、黃光能到達的較深海水中(有的種可生活在深達100 m處)；綠藻對綠光吸收較少、對紅光和藍紫光吸收較多，而生活于包括紅光在內各種光均能到達的淺水中。這種不同藻類的分層分布，有利于充分利用陽光和空問，是對環境的一種適應機制；同時不同藻類種類和數量的空間分層分布使水體具有各種各樣的水色。
要使池塘藻類生態相對穩定，每天被藻類消費的物質必須能穩定供應；同時，每天生長出來的藻類也必須被相應消費，才能保持池塘中藻類的密度和活性相對穩定。因此，藻類相對穩定（即生態系統穩定）的本質是生態系統各環節之間相對平衡。