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目前，在水產養殖中藻類是被廣泛應用的一支大軍，一般有鹽藻、角毛藻、三角褐指藻、等邊金藻、中肋骨條藻、異膠藻、扁藻、新月菱形藻等40多種。藻類分類計數儀是集藻類智能鑒定與計數、浮游動物計數于一體，是專門為水環境與海洋環境生物監測提供的智能圖像分析工具。
藻類在種群持續發展過程中，一方面通過光合作用為水體提供充足的溶解氧，另一方面降低并消除養殖水體中的有機污染和其他有害物質，保持養殖生態系統良性循環，達到改善水質的目的。因此，在水產養殖的苗種培育及水質管理中合理利用藻類，往往能達到事半功倍的效果。
所有藻類都具有葉綠素a和胡蘿卜素，在光照條件下可率地進行光合作用，由于不同的藻類分布在不同的水層，因而可通過光合作用達到立體增氧的目的。不少藻類含有很高的蛋白質，還有維持水產品幼苗生長所必需的維生素及微量元素，對苗種的各項生理機能有明顯的促進作用。例如，維生素E具有促進水產動物巨噬細胞的吞噬作用，提高補體活力，增強水產動物幼體的免疫能力；在對蝦配合飼料中添加魚腥藻粉可以明顯提高對蝦的生長速度及抗病害能力。因此魚腥藻、小球藻等優良藻種在魚蝦苗種培育中具有很好的應用前景。
藻類分類計數儀的廣泛應用有力地促進了藻類苗種行業的發展，也推動了育苗技術的進步。隨著健康養殖的理念日益受到重視，可以預見在未來水產經濟動物的苗種培育中，各種藻類也必將發揮越來越重要的作用。